反渗透的生物污染是膜系统操作中最常用和最严重的污染之一，一旦形成生物粘膜，它将变成一种自我支撑复杂的结构体并吸附水中有机和无机的杂质，为下一代细胞提供养料，是一种活的有机体，生物污垢的结构比较复杂，而且形成的生物粘膜，每个细胞都支撑着整个有机体，包括死亡的细胞也是下一代细胞的养料，此行时受生物污染的膜系统产水量下降，运行压力增加，脱盐率降低，严重的可以导致发生“望远镜”现象与机械损坏。因此有效的生物控制细菌的生长，而且要快速杀死细菌并从膜表面去除这些死亡细菌。
反渗透系统的杀菌剂分为两种：氧化型杀菌剂和非氧化型杀菌剂，在反渗透预处理中常规采用氧化型杀菌剂（次氯酸钠），但氧化型杀菌剂有氧化性对反渗透膜有一定的影响。一般情况下要求进反渗透膜的进水水质的余氯小于0.1ppm。所以，如果投加的是氧化型杀菌剂，反渗透系统中一定要使用活性炭吸附和亚硫酸氢钠进行吸附。目前，随着反渗透膜不断用在中水回用上，生物粘泥成了主要的污染源。常规的杀菌剂容易产生抗药性。